جدول اول ساختارها رو بر اساس تابع هدف ردیف کرده
اینم جالبه: http://www.cyana.org/wiki/index.php/CYANA_Macro:_overview
Thursday, February 28, 2013
نحوه خواندن و نوشتن فایل pdb
وقتی به هانس گفتم که پایمول کل کمپلکس رو یک زنجیره میگیره با پوزخند گفت خوب تبدیلش کن به دو تا زنجیره، تو فایل
pdb
!! باید تغییر بدی خوب
یعنی ٤ ماه من رو معطل کرده حالا دست پیش رو گرفته که پس نیافته...
تمرینی در فورترن
pdb
!! باید تغییر بدی خوب
یعنی ٤ ماه من رو معطل کرده حالا دست پیش رو گرفته که پس نیافته...
تمرینی در فورترن
من که از این سر در نمیارم و نمیدونم چقدر موفق عمل میکنه!
این لینک هم در مورد نوشتن فایل چیزی گفته که خیلی دقیق نیست...
هم یک فایل هست که کلا خود فایل رو توضیح داده pdb تو خود سایت
شاید اینم مفید باشه
http://users.mccammon.ucsd.edu/~bgrant/bio3d/html/write.pdb.html
http://deposit.rcsb.org/adit/docs/pdb_atom_format.html#ATOM
http://deposit.rcsb.org/adit/docs/pdb_atom_format.html#ATOM
Thursday, February 21, 2013
در مورد TALOS+ (به همراه نحوه نصب nmrPipe)
قبل از هر چیز برای اینکه بتونیم تالوس رو ببینیم باید
رو نصب داشته باشیم که بسیار کاربر و سخت هست برای کسی که لینوکس بلد نیستnmrPipe
این چهار فایل رو در یک دایرکتوری ذخیره میکنیم C shell در ترمینال شل سی :
برای محاسبه زوایای سای و فای و زوایای اتمهای زنجیره جانبی از شیفت شیمیایی از برنامه تالوس استفاده میکنیم که ورژن جدید آن در حال حاضر تالوس+ میباشد
رو نصب داشته باشیم که بسیار کاربر و سخت هست برای کسی که لینوکس بلد نیستnmrPipe
این چهار فایل رو در یک دایرکتوری ذخیره میکنیم C shell در ترمینال شل سی :
- install.com (the install script)
- binval.com (an auxiliary script which determines system type)
- NMRPipeX.tZ (all versions of NMRPipe)
- talos.tZ (optional, files required for TALOS+ and SPARTA+)
- dyn.tZ (optional, files required for DYNAMO and MFR).
بعد بسته به اینکه چه جوری فایل رو به دست آورده ایم، کامندهای زیر رو اجرا میکنیم تا همه فایلها قابل اجرا* بشند:
chmod a+r *.tZ *.Z *.tar
chmod a+rx *.com
سپس کامند زیر را اجرا کنید
./install.com
ایجاد یا ویرایش کنم.cshrc بعد باید یک فایل
روش ایجادش اینجا گفته شده
echo $SHELL
اگر نتیجه بگوید
csh یا tcsh
اونوقت یعنی در شل سی هستیم
حالا برای ایجاد فایل
~/.cshrc
به ترمینال میرویم و کامند زیر رو وارد میکنیم
cd (to go to your home directory)
pico .cshrc (to open the text editor Pico, and create a file named .cshrc)
که بعد از کامند اینستال.کام ایجاد شد، دو تا خط زیر را اضافه میکنیم README_NMRPIPE_USERS حالا طبق فایل
if (-e /Users/*******/Applications/com/nmrInit.mac.com) then
source /Users/*********/Applications/com/nmrInit.mac.com
endif
حالا اینتر رو میزنیم میریم یک خط پایینتر
بعد
Control-O
سپس
Return
سپس
control-X
حالا دوباره به ترمینال برگشتیم.
اینکار رو برای خط زیر هم در اسکریپت تکرار میکنیم
if (-e /Users/username/Applications/dynamo/com/dynInit.com) then
source /Users/username/Applications/dynamo/com/dynInit.com
endif
حالا همه چی رو میبندیم و کامپیوتر رو ری ایستارت میکنیم و این باعث میشه که شروع
nmrPipe
فعال بشه
*********************************
برای محاسبه زوایای سای و فای و زوایای اتمهای زنجیره جانبی از شیفت شیمیایی از برنامه تالوس استفاده میکنیم که ورژن جدید آن در حال حاضر تالوس+ میباشد
هانس یک اسکریپت داره به اسم "ست آپ ۲ " که فرمت اطلاعات موجود در پروژه اسپارکی رو به فرمت لازم برای ورودی تالوس برمیگردونه که یک فایل آوک هست
در حال حاضر یک کپی از این توی دایرکتوری بیز دارم
کامند تبدیل فرمت:
SETUP2
توضیحاتی در مورد اسکریپت:
فاصله های بین ستونها رو تعیین میکنه FS=" "
اتمها در ستون سوم atom=$3
فقط اتمهایی که در این فایل وجود دارند در تالوس مورد استفاده قرار خواهند گرفت
chain2 و یکی هم برای chain1 چون این یک کمپلکس هست برای هر یک از زنجیره های موجود در کمپلکس باید یک فایل بسازیم، پس دو تا فایل ست آپ باید بسازیم، یکی برای
توالی ها هر یک از شماره یک شروع میشود، یعنی ۸۲۲ میشه شماره ۱
آخرین خط در ستآپ۲ فرمت پرینت را در فایل ورودی تعیین میکند.
سپس با کامند زیر تالوس را اجرا می کنیم
talos+ -in in.tab
دو خط اول in.tab
مربوط به توالی می باشد
DATA SEQUENCE
این فایل ورودی همچنین برای پی بردن به ساختار دوم در منحنی راماچاندران مورد استفاده قرار میگیرد
rama+ -in in.tab
یک فایل
pred.tab
.ایجاد شده که در واقع بهترین پیش بینی ساختار دوم می باشد با استفاده از دیتابیس موجود
برای تبدیل فرمت از تالوس به فرمت مناسب برای ورودی سایانا از کامند زیر بهره جستیم
talos2dyana chain1.aco
talos2dyana chain2.aco
حالا این فایلهای آماده شده رو به دایرکتری مورد نظر برای محاسبات سایانا میبریم
رجوع شود به پست بعدی در مورد محاسبه ساختار پروتئین
* executable
کامندهای کاربردی در لینوکس
یکیش رو تو پست هفدهم گفتم
خارج شدن از مد غلط:
اگر اشتباهی یک کامند غلط بدیم، بعد برای اینکه کامند رو از بین ببریم و برگردیم به فرمتی که بتونیم کامند بدیم میتونیم از این کامندها استفاده کنیم:
^C, ^D, ^Z
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
یک کاامندی که خیلی بهش توی محاسبه بر هم کنش های دورادور* احتیاج دارم، کامند زیر هست که با کمک گیدو و سایتها بالاخره درست شد..
++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
یک کامندی که تو آسمونا دنبالش میگشتم، روی زمین پیداش کردم،
فهمیدم تاریخ ساختن یا ذخیره یک فایل:
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
hazf kardane yek khat dar file:
یک کاامندی که خیلی بهش توی محاسبه بر هم کنش های دورادور* احتیاج دارم، کامند زیر هست که با کمک گیدو و سایتها بالاخره درست شد..
awk '($1<=400 && $4>= 800)'{print} filename
$ ستون
&& عبارت &
<=X >=Y numbers greater than
همیشه بهتر هست که این قسمت رو داخل پرانتز بگذاریم .
یک کامندی که تو آسمونا دنبالش میگشتم، روی زمین پیداش کردم،
فهمیدم تاریخ ساختن یا ذخیره یک فایل:
ls -al
واسه اینکه فولدرها رو رنگی ببینیم این کامند:
ls -al --color
----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
hazf kardane yek khat dar file:
sed -i '\|a.b.c.d/24|d' file
khat bayad daraye in bashe ke hazf beshe: a.b.c.d/24
*longrange
Tuesday, February 19, 2013
determination of the secondary chemical shift of hydrogen and carbon atoms
توی این لینک لیست چند تا اسکریپت هست که یکیش به درد آنالیز شیفت شیمیایی ثانوی میخوره که از لیست اسپارکی استفاده میکنه..
من هم باید ببینم این کار رو قبلا انجام دادم یا آیا باید انجام بدم
http://openwetware.org/wiki/Computer_Scripts
Subscribe to:
Comments (Atom)