split_states filename
cartoon type, (selection)
set sphere_scale, 0.5
set stick_radius, 0.12
set ribbon_width, 2
برای اینکه زمینه شفاف باشد
set ray_opaque_background, off
و برای ایجاد کیفیت بالا ازکامند زیر استفاده میکنیم:
ray 2048, 1536
align pdbfile ////CA, pdbfile , object=alignment
set sphere_scale, 0.5
align structure2 and resi 1-100, structure1 and resi 300-400
فرم کوتاهalign structure2 & i. 1-100, structure 1 & i. 300-400یکی از کامنتهای خوب این هست که ساختارها رو با هم الاین کنیم. قبلا کامتش رو اینجا گذاشته بودمولی به نظرم این وبسایت بهتر توضیح داده:
align structure2 & i. 1-100 & n. n+ca+c+o, structure1 & i. 300-400 & n. n+ca+c+oاگر بخوایم خطوطی که اتمها رو هم به هم متصل میکنه ببینیم میتونیم آبجکت رو به آخر کامند اضافه کنیم
align structure2 & i. 1-100 & n. n+ca+c+o, structure1 & i. 300-400 & n. n+ca+c+o, object=matches
select H_824, name h* and not resi 824 within 5 of resi 824 and name ha*
split_states pdbfilename
and save each state:
for i in cmd.get_object_list(): cmd.save("%s.pdb" %i, i)
امروز ۱۴( مارچ ۲۰۱۳) وقتی دنبال این بودم که بتونم پایمول رو از ترمینال اجرا کنم، یک کشف خیلی جالب کردم که تو این لینک کلی قابلیتها برای تعریف کارهای مختلف توسط پایمول وجود داره، مثلا وقتی تایپ کنی سفید، زمینه رو سفید کنه...
معنی خیلیهاش رو نمیدونم ولی همه رو دونه دونه اجرا میکنم بلکه گاهی به دردم بخوره... یا اینجا بهش دوباره نگاه کنم و به مرور یاد بگیرم:
کاربرد ماکرو در پایمول
| Matching Property Selector | Short Form Selector | Identifier and Example |
|---|---|---|
| symbol | e. | chemical-symbol-list list of 1- or 2-letter chemical symbols from the periodic table PyMOL> select polar, symbol o+n |
| name | n. | atom-name-list list of up to 4-letter codes for atoms in proteins or nucleic acids PyMOL> select carbons, name ca+cb+cg+cd |
| resn | r. | residue-name-list list of 3-letter codes for amino acids PyMOL> select aas, resn asp+glu+asn+glnor list of up to 2-letter codes for nucleic acids PyMOL> select bases, resn a+g |
| resi | i. | residue-identifier-list list of up to 4-digit residue numbers PyMOL> select mults10, resi 1+10+100+1000residue-identifier-range PyMOL> select nterm, resi 1-10 |
| alt | alt | alternate-conformation-identifier-list list of single letters PyMOL> select altconf, alt a+"" |
| chain | c. | chain-identifier-list list of single letters or sometimes numbers PyMOL> select firstch, chain a |
| segi | s. | segment-identifier-list list of up to 4 letter identifiers PyMOL> select ligand, segi lig |
| flag | f. | flag-number a single integer from 0 to 31 PyMOL> select f1, flag 0 |
| numeric_type | nt. | type-number a single integer PyMOL> select type1, nt. 5 |
| text_type | tt. | type-string a list of up to 4 letter codes PyMOL> select subset, text_type HA+HC |
| id | id | external-index-number a single integer PyMOL> select idno, id 23 |
| index | idx. | internal-index-number a single integer PyMOL> select intid, index 11 |
| ss | ss | secondary-structure-type list of single letters PyMOL> select allstrs, ss h+s+l+"" |
lpr command,
which spools jobs to printers. The operating system returned two
answers, and thus two paths. The first path is the location of the
lpr executable, and the second path is the location of
the lpr manual page.lpr at the command line,
the system is really executing /var/bsd/lpr.
