پست بیست و یکم: همه کامندهای گرافیکی و محاسباتی pymol

*******گرافیکی*******

برای اینکه هر  ۲٠تا ساختار رو ببینیم کامند زیر اجرا میکنیم:

split_states filename

برای اینکه نحوه نمایش ساختار رو به مدلی که دوست داریم در بیاریم

لینک زیر خیلی کمک  میکنه:

http://www.pymolwiki.org/index.php/Cartoon

در واقع اینها مدلهای مختلف نمایش کارتونی هستند و بعد از اجرای کامنت اگر کارتون رو انتخاب کنم میبینم که مدلی که میخواستم رو نشون میده، من هی کامنت رو میزدم بعد میدیدم اتفاقی نیافتاد در حالیکه اصلا نمایشم کارتونی نبود که چیزی ببینم،بعد که کارتون رو انتخاب کردم درست شد

cartoon type, (selection)

type:

1. skip
2. automatic
3. loop
4. rectangle
5. oval
6. tube
7. arrow
8. dumbbell

برای تنظیم سایز نمایش کره ای اتمها:

set sphere_scale, 0.5

 برای تعیین قطر  نمایش چوبی زنجیره های جانبی وقتی کانفورمرهای زیادی داریم، از کامند زیر استفاده کردم:

set stick_radius, 0.12

برای تنظیم قطر نمایش روبانی پروتئین می شه کامند زیر استفاده میکنیم:

set ribbon_width, 2

برای اینکه زمینه شفاف باشد

set ray_opaque_background, off


و برای ایجاد کیفیت بالا ازکامند  زیر استفاده میکنیم:
ray 2048, 1536

*******محاسباتی*******

برای اینکه دو تاساختار رو با هم الاین کنیم:

align pdbfile ////CA, pdbfile , object=alignment

یک روش دیگه برای الاین کردن دادن این کامنت هست:

set sphere_scale, 0.5

 align structure2 and resi 1-100, structure1 and resi 300-400

فرم کوتاه




align structure2 & i. 1-100, structure 1 & i. 300-400






یکی از کامنتهای خوب این هست که ساختارها رو با هم الاین کنیم. قبلا کامتش رو اینجا گذاشته بودم





 ولی به نظرم این وبسایت بهتر توضیح داده:


Using the "align" command

که توش میگیم که از چه شماره آمینو اسید تا چه شماره ای رو بگیره، و اینجوری 

RMSD

رو هم حساب میکنه.

اگر فقط بخواهیم زنجیره اصلی رو برامون حساب کنه و الاین کنه میتونیم کامنت زیر رو بدیم:

align structure2 & i. 1-100 & n. n+ca+c+o, structure1 & i. 300-400 & n. n+ca+c+o







اگر بخوایم خطوطی که اتمها رو هم به هم متصل میکنه ببینیم میتونیم آبجکت رو به آخر کامند اضافه کنیم

align structure2 & i. 1-100 & n. n+ca+c+o, structure1 & i. 300-400 & n. n+ca+c+o, object=matches

برای نشان دادن پروتونهایی که در فاصله خاصی از آمینو اسید مورد نظر قرار دارند:

select H_824, name h* and not resi 824 within 5 of resi 824 and name ha*

یک کار دیگه نشان دادن همه کانفورمرها هست، که برای این از کامند زیر استفاده میکنیم:

split_states pdbfilename




and save each state:


for i in cmd.get_object_list(): cmd.save("%s.pdb" %i, i)

امروز ۱۴( مارچ ۲۰۱۳) وقتی دنبال این بودم که بتونم پایمول رو از ترمینال اجرا کنم، یک کشف خیلی جالب کردم که تو این لینک کلی قابلیتها برای تعریف کارهای مختلف توسط پایمول وجود داره، مثلا وقتی تایپ کنی سفید، زمینه رو سفید کنه...



معنی خیلیهاش رو نمیدونم ولی همه رو دونه دونه اجرا میکنم بلکه گاهی به دردم بخوره... یا اینجا بهش دوباره نگاه کنم و به مرور یاد بگیرم:

MacOSX-specific .pymolrc file

کاربرد ماکرو در پایمول

سوپروایزرم گیر داده که از ماکرو برای اجرا کردن عملیات روی پروتیین استفاده کنم: من هم رفتم سراغ این لینک که .چیزی ازش سر در نمیارم!! 

چند تا ماکرو این زیر میگذارم امیدوارم که مفید باشه 

ماکروی انتخاب اتم 

 توی درک ماکروها این جدول میتونه مفید باشه که از این لینک پیداش کردم :

Matching Property Selector	Short Form Selector	Identifier and Example
symbol	e.	chemical-symbol-list list of 1- or 2-letter chemical symbols from the periodic table PyMOL> select polar, symbol o+n
name	n.	atom-name-list list of up to 4-letter codes for atoms in proteins or nucleic acids PyMOL> select carbons, name ca+cb+cg+cd
resn	r.	residue-name-list list of 3-letter codes for amino acids PyMOL> select aas, resn asp+glu+asn+gln or list of up to 2-letter codes for nucleic acids PyMOL> select bases, resn a+g
resi	i.	residue-identifier-list list of up to 4-digit residue numbers PyMOL> select mults10, resi 1+10+100+1000 residue-identifier-range PyMOL> select nterm, resi 1-10
alt	alt	alternate-conformation-identifier-list list of single letters PyMOL> select altconf, alt a+""
chain	c.	chain-identifier-list list of single letters or sometimes numbers PyMOL> select firstch, chain a
segi	s.	segment-identifier-list list of up to 4 letter identifiers PyMOL> select ligand, segi lig
flag	f.	flag-number a single integer from 0 to 31 PyMOL> select f1, flag 0
numeric_type	nt.	type-number a single integer PyMOL> select type1, nt. 5
text_type	tt.	type-string a list of up to 4 letter codes PyMOL> select subset, text_type HA+HC
id	id	external-index-number a single integer PyMOL> select idno, id 23
index	idx.	internal-index-number a single integer PyMOL> select intid, index 11
ss	ss	secondary-structure-type list of single letters PyMOL> select allstrs, ss h+s+l+""

RMSD: Root Mean Square Deviation is the square root of the mean of the square of the distances between the matched atoms.
RMSD = SQRT[{SUM(d_ii)²}/N]
where d_ii is the distance between the i^th atom of structure 1 and the i^th atom of structure 2 and N is the number of atoms matched in each structure.