پست سی‌و‌یکم: تبدیل فرمت از پایپ به اسپارکی

ادامه پست یازدهم

در پایان استفاده از  نرم افزار ان ام آر پایپ*  اولا متوجه یه سری ایراداتی در دایرکتوری شدم:

اولا باید بگم که سال پیش که میخواستم از تالوس + استفاده کنم کامپیوتر سر کار پیغام خطای انقضای نرم افزار      میداد، آپدیت هم که کردم باز خطا میداد، امروز دیدم واسه اونم یه کامنت وجود داره..

خلاصه تو کامپیوتر شخصیم وقتی فایلهای 

.ft2

رو میخواستم به فرمت اسپارکی تبدیل کنم خطا میداد، 

>pipe2ucsf name.ft2 name.ucsf

command not found

علتش این بود که دایرکتوری که برای

pipe2ucsf 

تعریف شده بود درست نبود، اول دایرکتوری این فایل رو پیدا کردم، انتظار داشتم تو 

nmrbin 

باشه

ولی تو 

Sparky.app/bin 

 بود، خلاصه تو چنین مواردی به این روش آلیاس میکنیم:

alias pipes2ucsf=' /Volumes/ ******/Applicati ons/Sparky. app/Contents/ Resources/ bin/pipe2ucsf'

****** is the name of your Hard disk.

و مشکل حل میشه..

* nmrPipe

** expiration error

Cyana

مروری بر خروجی سایانا

جدول اول ساختارها رو بر اساس تابع هدف ردیف کرده 

اینم جالبه: http://www.cyana.org/wiki/index.php/CYANA_Macro:_overview

نحوه خواندن و نوشتن فایل pdb

وقتی به هانس گفتم که پایمول کل کمپلکس رو یک زنجیره میگیره با پوزخند گفت خوب تبدیلش کن به دو تا زنجیره، تو فایل
pdb
!! باید تغییر بدی خوب
یعنی ٤ ماه من رو معطل  کرده حالا دست پیش رو گرفته که پس نیافته...
 تمرینی در فورترن 

من که از این سر در نمیارم و نمیدونم چقدر موفق عمل میکنه!

این لینک هم در مورد نوشتن فایل چیزی گفته که خیلی دقیق نیست...

 هم یک فایل هست که کلا خود فایل رو توضیح داده  pdb تو خود سایت

   

شاید اینم مفید باشه 

http://users.mccammon.ucsd.edu/~bgrant/bio3d/html/write.pdb.html


http://deposit.rcsb.org/adit/docs/pdb_atom_format.html#ATOM

در مورد TALOS+ (به همراه نحوه نصب nmrPipe)

قبل از هر چیز برای اینکه بتونیم تالوس رو ببینیم باید
 رو نصب داشته باشیم که بسیار کاربر و سخت هست برای کسی که لینوکس بلد نیستnmrPipe

نصب nmrPipe

این چهار فایل رو در یک دایرکتوری ذخیره میکنیم  C shell در ترمینال شل سی :

• install.com (the install script)
• binval.com (an auxiliary script which determines system type)
• NMRPipeX.tZ (all versions of NMRPipe)
• talos.tZ (optional, files required for TALOS+ and SPARTA+)
• dyn.tZ (optional, files required for DYNAMO and MFR).

بعد بسته به اینکه چه جوری فایل رو به دست آورده ایم، کامندهای زیر رو اجرا میکنیم تا همه فایلها قابل اجرا* بشند:

chmod a+r *.tZ *.Z *.tar

chmod a+rx *.com

سپس کامند زیر را اجرا کنید

   ./install.com 

 ایجاد یا ویرایش کنم.cshrc بعد باید یک فایل 

روش ایجادش اینجا گفته شده

.cshrc  روش ایجاد فایل

echo $SHELL

اگر نتیجه بگوید 

csh یا tcsh

اونوقت یعنی در شل سی هستیم

حالا برای ایجاد فایل 

~/.cshrc 

به ترمینال میرویم و کامند زیر رو وارد میکنیم

cd (to go to your home directory)

pico .cshrc (to open the text editor Pico, and create a file named .cshrc)

که بعد از کامند اینستال.کام ایجاد شد، دو تا خط زیر را اضافه میکنیم README_NMRPIPE_USERS حالا طبق فایل 

if (-e /Users/*******/Applications/com/nmrInit.mac.com) then

        source /Users/*********/Applications/com/nmrInit.mac.com

     endif

حالا اینتر رو میزنیم میریم یک خط پایینتر

بعد 

Control-O

سپس

Return

سپس 

control-X

حالا دوباره به ترمینال برگشتیم.

اینکار رو برای  خط زیر هم در اسکریپت تکرار میکنیم

 if (-e /Users/username/Applications/dynamo/com/dynInit.com) then

        source /Users/username/Applications/dynamo/com/dynInit.com

     endif

 حالا همه چی رو میبندیم و کامپیوتر رو ری ایستارت میکنیم و این باعث میشه که شروع 

nmrPipe

فعال بشه

*********************************

برای محاسبه زوایای سای و فای و زوایای اتمهای زنجیره جانبی از شیفت شیمیایی از برنامه تالوس استفاده میکنیم که ورژن جدید آن در حال حاضر تالوس+ میباشد

 هانس یک اسکریپت داره به اسم "ست آپ ۲ " که فرمت اطلاعات موجود در پروژه اسپارکی رو به فرمت لازم برای ورودی تالوس  برمیگردونه که یک فایل آوک هست

در حال حاضر یک کپی از این توی دایرکتوری بیز دارم

کامند تبدیل فرمت:

SETUP2

توضیحاتی در مورد اسکریپت:

 فاصله های بین ستونها رو تعیین میکنه FS="      "  

اتمها در ستون سوم atom=$3

فقط اتمهایی که در این فایل وجود دارند در تالوس مورد استفاده قرار خواهند گرفت

chain2 و یکی هم برای chain1 چون این یک کمپلکس هست برای هر یک از زنجیره های موجود در کمپلکس باید یک فایل بسازیم، پس دو  تا فایل ست آپ  باید بسازیم، یکی برای 

توالی ها هر یک از شماره یک شروع میشود، یعنی ۸۲۲ میشه شماره ۱

آخرین خط در ستآپ۲ فرمت پرینت را در فایل ورودی تعیین میکند.

سپس با کامند زیر تالوس را اجرا می کنیم

talos+ -in in.tab  

دو خط اول in.tab

مربوط به توالی می باشد

DATA SEQUENCE

این فایل ورودی همچنین برای پی بردن به ساختار دوم در منحنی راماچاندران مورد استفاده قرار میگیرد

rama+ -in in.tab

یک فایل 

pred.tab

 .ایجاد شده که در واقع بهترین پیش بینی ساختار دوم می باشد با استفاده از دیتابیس موجود

برای تبدیل فرمت از تالوس به فرمت مناسب برای ورودی سایانا از کامند زیر بهره جستیم

talos2dyana   chain1.aco

talos2dyana   chain2.aco

حالا این فایلهای آماده شده رو به دایرکتری مورد نظر برای محاسبات سایانا میبریم

رجوع شود به پست بعدی در مورد محاسبه ساختار پروتئین

* executable

کامندهای کاربردی در لینوکس

یکیش رو تو  پست هفدهم گفتم

خارج شدن از مد غلط:

 اگر اشتباهی یک کامند غلط بدیم، بعد برای اینکه کامند رو از بین ببریم و برگردیم به فرمتی که بتونیم کامند بدیم میتونیم از این کامندها استفاده کنیم: 

^C, ^D, ^Z

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
یک کاامندی که خیلی بهش توی محاسبه  بر هم کنش های دورادور* احتیاج دارم، کامند زیر هست  که با کمک گیدو و سایتها بالاخره درست شد..

 awk '($1<=400 && $4>= 800)'{print} filename

$ ستون 

&&   عبارت &

<=X >=Y numbers greater than

همیشه بهتر هست که این قسمت رو داخل پرانتز بگذاریم .

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
یک کامندی که تو آسمونا دنبالش میگشتم، روی زمین پیداش کردم،
فهمیدم تاریخ ساختن یا ذخیره یک فایل:

ls -al

واسه اینکه فولدرها رو رنگی ببینیم این کامند: 

ls -al --color

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
hazf kardane yek khat  dar file:

sed -i '\|a.b.c.d/24|d' file

 khat bayad daraye in bashe ke hazf beshe: a.b.c.d/24

*longrange  

Bees

واسه اینکه به
bees
 دسترسی پیدا کنم باید وارد این آدرس بشم و پسورد وارد کنم
@131.211.148.60

determination of the secondary chemical shift of hydrogen and carbon atoms

توی این لینک لیست چند تا اسکریپت هست که یکیش به درد آنالیز شیفت شیمیایی ثانوی میخوره که از لیست اسپارکی استفاده میکنه..

من هم باید ببینم این کار رو قبلا انجام دادم یا آیا باید انجام بدم

http://openwetware.org/wiki/Computer_Scripts

در مورد تخلیص پروتئین

HisTrap™ FF Crude - Tips & Tricks

Can I elute my polyhistidine-tagged protein from Ni-NTA Resin by 1 mM EDTA?

پست بیست و دوم: ادامه پست یازدهم پرسسینگ

ادامه پست یازدهم 

وقتی استریپهای زشت و مزاحمی در طیف داریم با تبدیل فاکتور 

c

  از یک به نیم درست میشه 

در واقع اگر نگاه کنیم این حرف "سی"* در مقابل ساین** یا كساین*** قرار گرفته و این فاکتور ساین رو به کساین تبدیل میکنه اگر نیم باشه و ساین میمونه با تاخیر ۱ دور یا ساین هست بدون تاخیر!

*c

**syn

***cos

c=0

c=0.5

c=1

پست بیست و یکم: همه کامندهای گرافیکی و محاسباتی pymol

*******گرافیکی*******

برای اینکه هر  ۲٠تا ساختار رو ببینیم کامند زیر اجرا میکنیم:

split_states filename

برای اینکه نحوه نمایش ساختار رو به مدلی که دوست داریم در بیاریم

لینک زیر خیلی کمک  میکنه:

http://www.pymolwiki.org/index.php/Cartoon

در واقع اینها مدلهای مختلف نمایش کارتونی هستند و بعد از اجرای کامنت اگر کارتون رو انتخاب کنم میبینم که مدلی که میخواستم رو نشون میده، من هی کامنت رو میزدم بعد میدیدم اتفاقی نیافتاد در حالیکه اصلا نمایشم کارتونی نبود که چیزی ببینم،بعد که کارتون رو انتخاب کردم درست شد

cartoon type, (selection)

type:

1. skip
2. automatic
3. loop
4. rectangle
5. oval
6. tube
7. arrow
8. dumbbell

برای تنظیم سایز نمایش کره ای اتمها:

set sphere_scale, 0.5

 برای تعیین قطر  نمایش چوبی زنجیره های جانبی وقتی کانفورمرهای زیادی داریم، از کامند زیر استفاده کردم:

set stick_radius, 0.12

برای تنظیم قطر نمایش روبانی پروتئین می شه کامند زیر استفاده میکنیم:

set ribbon_width, 2

برای اینکه زمینه شفاف باشد

set ray_opaque_background, off


و برای ایجاد کیفیت بالا ازکامند  زیر استفاده میکنیم:
ray 2048, 1536

*******محاسباتی*******

برای اینکه دو تاساختار رو با هم الاین کنیم:

align pdbfile ////CA, pdbfile , object=alignment

یک روش دیگه برای الاین کردن دادن این کامنت هست:

set sphere_scale, 0.5

 align structure2 and resi 1-100, structure1 and resi 300-400

فرم کوتاه




align structure2 & i. 1-100, structure 1 & i. 300-400






یکی از کامنتهای خوب این هست که ساختارها رو با هم الاین کنیم. قبلا کامتش رو اینجا گذاشته بودم





 ولی به نظرم این وبسایت بهتر توضیح داده:


Using the "align" command

که توش میگیم که از چه شماره آمینو اسید تا چه شماره ای رو بگیره، و اینجوری 

RMSD

رو هم حساب میکنه.

اگر فقط بخواهیم زنجیره اصلی رو برامون حساب کنه و الاین کنه میتونیم کامنت زیر رو بدیم:

align structure2 & i. 1-100 & n. n+ca+c+o, structure1 & i. 300-400 & n. n+ca+c+o







اگر بخوایم خطوطی که اتمها رو هم به هم متصل میکنه ببینیم میتونیم آبجکت رو به آخر کامند اضافه کنیم

align structure2 & i. 1-100 & n. n+ca+c+o, structure1 & i. 300-400 & n. n+ca+c+o, object=matches

برای نشان دادن پروتونهایی که در فاصله خاصی از آمینو اسید مورد نظر قرار دارند:

select H_824, name h* and not resi 824 within 5 of resi 824 and name ha*

یک کار دیگه نشان دادن همه کانفورمرها هست، که برای این از کامند زیر استفاده میکنیم:

split_states pdbfilename




and save each state:


for i in cmd.get_object_list(): cmd.save("%s.pdb" %i, i)

امروز ۱۴( مارچ ۲۰۱۳) وقتی دنبال این بودم که بتونم پایمول رو از ترمینال اجرا کنم، یک کشف خیلی جالب کردم که تو این لینک کلی قابلیتها برای تعریف کارهای مختلف توسط پایمول وجود داره، مثلا وقتی تایپ کنی سفید، زمینه رو سفید کنه...



معنی خیلیهاش رو نمیدونم ولی همه رو دونه دونه اجرا میکنم بلکه گاهی به دردم بخوره... یا اینجا بهش دوباره نگاه کنم و به مرور یاد بگیرم:

MacOSX-specific .pymolrc file

کاربرد ماکرو در پایمول

سوپروایزرم گیر داده که از ماکرو برای اجرا کردن عملیات روی پروتیین استفاده کنم: من هم رفتم سراغ این لینک که .چیزی ازش سر در نمیارم!! 

چند تا ماکرو این زیر میگذارم امیدوارم که مفید باشه 

ماکروی انتخاب اتم 

 توی درک ماکروها این جدول میتونه مفید باشه که از این لینک پیداش کردم :

Matching Property Selector	Short Form Selector	Identifier and Example
symbol	e.	chemical-symbol-list list of 1- or 2-letter chemical symbols from the periodic table PyMOL> select polar, symbol o+n
name	n.	atom-name-list list of up to 4-letter codes for atoms in proteins or nucleic acids PyMOL> select carbons, name ca+cb+cg+cd
resn	r.	residue-name-list list of 3-letter codes for amino acids PyMOL> select aas, resn asp+glu+asn+gln or list of up to 2-letter codes for nucleic acids PyMOL> select bases, resn a+g
resi	i.	residue-identifier-list list of up to 4-digit residue numbers PyMOL> select mults10, resi 1+10+100+1000 residue-identifier-range PyMOL> select nterm, resi 1-10
alt	alt	alternate-conformation-identifier-list list of single letters PyMOL> select altconf, alt a+""
chain	c.	chain-identifier-list list of single letters or sometimes numbers PyMOL> select firstch, chain a
segi	s.	segment-identifier-list list of up to 4 letter identifiers PyMOL> select ligand, segi lig
flag	f.	flag-number a single integer from 0 to 31 PyMOL> select f1, flag 0
numeric_type	nt.	type-number a single integer PyMOL> select type1, nt. 5
text_type	tt.	type-string a list of up to 4 letter codes PyMOL> select subset, text_type HA+HC
id	id	external-index-number a single integer PyMOL> select idno, id 23
index	idx.	internal-index-number a single integer PyMOL> select intid, index 11
ss	ss	secondary-structure-type list of single letters PyMOL> select allstrs, ss h+s+l+""

RMSD: Root Mean Square Deviation is the square root of the mean of the square of the distances between the matched atoms.
RMSD = SQRT[{SUM(d_ii)²}/N]
where d_ii is the distance between the i^th atom of structure 1 and the i^th atom of structure 2 and N is the number of atoms matched in each structure.

پست بیستم: چگونه یک فایل قابل اجرا را در لینوکس پیدا کنم؟

دو تا کامند که خیلی دیدم
which lpr?
whereis lpr?
اولی هدایت میکنه به اینجا: lpr: /usr/ucb/lpr /usr/man/man1/lpr.1
In this example, the query asked about the lpr command, which spools jobs to printers. The operating system returned two answers, and thus two paths. The first path is the location of the lpr executable, and the second path is the location of the lpr manual page.

/var/bsd/lpr
This means that when you enter lpr at the command line, the system is really executing /var/bsd/lpr.

حالا مشکلم اینه که اینارو که میزنم هیچ جوابی نمیگیرم و نمیدونم این یعنی اینکه من این فایل رو ندارم یا معنی دیگه ای میده؟

پست نوزدهم: پیک ۹۰ درجه خارج از فاز

گاهی اوقات کوتاه بودن زمان تاخیری d1 باعث میشود که به نظر برسد که پیک ۹۰ درجه خارج از فاز است، به اون نوع پیک که حاصل آن دو پیک مثبت و منفی کنار هم هست، دیسپرسیو میگویند و اغلب باید با ۹۰ درجه تغییر فاز درست شود وگرنه شاید مشکل از d1 باشد...

همچنین در بعد غیر مستقیم نیز این امکان وجود دارد که زمان اکوییزیشن کوتاه بوده باشد و بخش مهمی از  FID از دست رفته باشد. به این پدیده ناقص سازی FID گویند.