Cyana

مروری بر خروجی سایانا

جدول اول ساختارها رو بر اساس تابع هدف ردیف کرده 

اینم جالبه: http://www.cyana.org/wiki/index.php/CYANA_Macro:_overview

نحوه خواندن و نوشتن فایل pdb

وقتی به هانس گفتم که پایمول کل کمپلکس رو یک زنجیره میگیره با پوزخند گفت خوب تبدیلش کن به دو تا زنجیره، تو فایل
pdb
!! باید تغییر بدی خوب
یعنی ٤ ماه من رو معطل  کرده حالا دست پیش رو گرفته که پس نیافته...
 تمرینی در فورترن 

من که از این سر در نمیارم و نمیدونم چقدر موفق عمل میکنه!

این لینک هم در مورد نوشتن فایل چیزی گفته که خیلی دقیق نیست...

 هم یک فایل هست که کلا خود فایل رو توضیح داده  pdb تو خود سایت

   

شاید اینم مفید باشه 

http://users.mccammon.ucsd.edu/~bgrant/bio3d/html/write.pdb.html


http://deposit.rcsb.org/adit/docs/pdb_atom_format.html#ATOM

در مورد TALOS+ (به همراه نحوه نصب nmrPipe)

قبل از هر چیز برای اینکه بتونیم تالوس رو ببینیم باید
 رو نصب داشته باشیم که بسیار کاربر و سخت هست برای کسی که لینوکس بلد نیستnmrPipe

نصب nmrPipe

این چهار فایل رو در یک دایرکتوری ذخیره میکنیم  C shell در ترمینال شل سی :

• install.com (the install script)
• binval.com (an auxiliary script which determines system type)
• NMRPipeX.tZ (all versions of NMRPipe)
• talos.tZ (optional, files required for TALOS+ and SPARTA+)
• dyn.tZ (optional, files required for DYNAMO and MFR).

بعد بسته به اینکه چه جوری فایل رو به دست آورده ایم، کامندهای زیر رو اجرا میکنیم تا همه فایلها قابل اجرا* بشند:

chmod a+r *.tZ *.Z *.tar

chmod a+rx *.com

سپس کامند زیر را اجرا کنید

   ./install.com 

 ایجاد یا ویرایش کنم.cshrc بعد باید یک فایل 

روش ایجادش اینجا گفته شده

.cshrc  روش ایجاد فایل

echo $SHELL

اگر نتیجه بگوید 

csh یا tcsh

اونوقت یعنی در شل سی هستیم

حالا برای ایجاد فایل 

~/.cshrc 

به ترمینال میرویم و کامند زیر رو وارد میکنیم

cd (to go to your home directory)

pico .cshrc (to open the text editor Pico, and create a file named .cshrc)

که بعد از کامند اینستال.کام ایجاد شد، دو تا خط زیر را اضافه میکنیم README_NMRPIPE_USERS حالا طبق فایل 

if (-e /Users/*******/Applications/com/nmrInit.mac.com) then

        source /Users/*********/Applications/com/nmrInit.mac.com

     endif

حالا اینتر رو میزنیم میریم یک خط پایینتر

بعد 

Control-O

سپس

Return

سپس 

control-X

حالا دوباره به ترمینال برگشتیم.

اینکار رو برای  خط زیر هم در اسکریپت تکرار میکنیم

 if (-e /Users/username/Applications/dynamo/com/dynInit.com) then

        source /Users/username/Applications/dynamo/com/dynInit.com

     endif

 حالا همه چی رو میبندیم و کامپیوتر رو ری ایستارت میکنیم و این باعث میشه که شروع 

nmrPipe

فعال بشه

*********************************

برای محاسبه زوایای سای و فای و زوایای اتمهای زنجیره جانبی از شیفت شیمیایی از برنامه تالوس استفاده میکنیم که ورژن جدید آن در حال حاضر تالوس+ میباشد

 هانس یک اسکریپت داره به اسم "ست آپ ۲ " که فرمت اطلاعات موجود در پروژه اسپارکی رو به فرمت لازم برای ورودی تالوس  برمیگردونه که یک فایل آوک هست

در حال حاضر یک کپی از این توی دایرکتوری بیز دارم

کامند تبدیل فرمت:

SETUP2

توضیحاتی در مورد اسکریپت:

 فاصله های بین ستونها رو تعیین میکنه FS="      "  

اتمها در ستون سوم atom=$3

فقط اتمهایی که در این فایل وجود دارند در تالوس مورد استفاده قرار خواهند گرفت

chain2 و یکی هم برای chain1 چون این یک کمپلکس هست برای هر یک از زنجیره های موجود در کمپلکس باید یک فایل بسازیم، پس دو  تا فایل ست آپ  باید بسازیم، یکی برای 

توالی ها هر یک از شماره یک شروع میشود، یعنی ۸۲۲ میشه شماره ۱

آخرین خط در ستآپ۲ فرمت پرینت را در فایل ورودی تعیین میکند.

سپس با کامند زیر تالوس را اجرا می کنیم

talos+ -in in.tab  

دو خط اول in.tab

مربوط به توالی می باشد

DATA SEQUENCE

این فایل ورودی همچنین برای پی بردن به ساختار دوم در منحنی راماچاندران مورد استفاده قرار میگیرد

rama+ -in in.tab

یک فایل 

pred.tab

 .ایجاد شده که در واقع بهترین پیش بینی ساختار دوم می باشد با استفاده از دیتابیس موجود

برای تبدیل فرمت از تالوس به فرمت مناسب برای ورودی سایانا از کامند زیر بهره جستیم

talos2dyana   chain1.aco

talos2dyana   chain2.aco

حالا این فایلهای آماده شده رو به دایرکتری مورد نظر برای محاسبات سایانا میبریم

رجوع شود به پست بعدی در مورد محاسبه ساختار پروتئین

* executable

کامندهای کاربردی در لینوکس

یکیش رو تو  پست هفدهم گفتم

خارج شدن از مد غلط:

 اگر اشتباهی یک کامند غلط بدیم، بعد برای اینکه کامند رو از بین ببریم و برگردیم به فرمتی که بتونیم کامند بدیم میتونیم از این کامندها استفاده کنیم: 

^C, ^D, ^Z

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
یک کاامندی که خیلی بهش توی محاسبه  بر هم کنش های دورادور* احتیاج دارم، کامند زیر هست  که با کمک گیدو و سایتها بالاخره درست شد..

 awk '($1<=400 && $4>= 800)'{print} filename

$ ستون 

&&   عبارت &

<=X >=Y numbers greater than

همیشه بهتر هست که این قسمت رو داخل پرانتز بگذاریم .

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
یک کامندی که تو آسمونا دنبالش میگشتم، روی زمین پیداش کردم،
فهمیدم تاریخ ساختن یا ذخیره یک فایل:

ls -al

واسه اینکه فولدرها رو رنگی ببینیم این کامند: 

ls -al --color

----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
hazf kardane yek khat  dar file:

sed -i '\|a.b.c.d/24|d' file

 khat bayad daraye in bashe ke hazf beshe: a.b.c.d/24

*longrange  

Bees

واسه اینکه به
bees
 دسترسی پیدا کنم باید وارد این آدرس بشم و پسورد وارد کنم
@131.211.148.60

determination of the secondary chemical shift of hydrogen and carbon atoms

توی این لینک لیست چند تا اسکریپت هست که یکیش به درد آنالیز شیفت شیمیایی ثانوی میخوره که از لیست اسپارکی استفاده میکنه..

من هم باید ببینم این کار رو قبلا انجام دادم یا آیا باید انجام بدم

http://openwetware.org/wiki/Computer_Scripts