پست یازدهم-ادامه پست هشتم-پروسسینگ

تو پست هشتم یک کمی درمورد
nmrPipe
چیزهایی که میدونستم نوشته بودم. اینجا اطلاعات کاملتری میگذارم.

مدتی بود که با دیتاهایی که قبلا پروسس میکردم سر و کله میزدم، حالا دیگه باز نوبت انجام دادن اون بخشی هست که خیلی باهاش سر و کله میزدم. چون خیلی دارم گیج میزنم و اطلاعاتم خیلی پراکنده هست، سعی میکنم اونا رو اینجا دسته بندی کنیم.. خدا رو چه دیدی شاید به درد بقیه هم خورد.. لطفا اگر کسی اومد اینجا که چیزی حالیش بود، هر نکته ای به نظرش رسید، دریغ نکنه

ممنون
زکات علم آموختن است

آدرس سایت
NMRPipe
برای
سیستم پردازش و آنالیز طیفها

اول:
قبل از هرچیزی یک دایرکتوری پایپ میسازیم،

فایلهای
.com
رو که به صورت زیپ شده هست
(gz)
در
NMRPipe
کپی میکنیم( فایلهایی که در پست هشتم ذکر شد)

بعد فایل رو اگزکیوتبل میکنیم با این کامند: chmod +x *.com

بعد در فایل
fid.com
نام فایل را تغییر میدهیم... فرمت داده های خروجی از دستگاه به صورت بروکر با پسوند
ser.
هست وقتی داخل دایرکتری حاوی فایل
ser
هستیم

brukerکامند
رو تایپ میکنیم که حالا یک پنجره باز میشه و اونجا با
read parameter
پارامترها رو از فایل
ser

میخونه.

وقتی اینکار رو میکنم، یک اسکریپت
bruk2pipe
ران میشه که از فایل
ser.
به عنوان ورودیش استفاده میکنه و خروجیش
fid.com
هست. اون پارامترهایی که زرد شدند رو باید از فایلهای
aqus
در بیاریم که در همون دایرکتری قرار داره که فایل
ser
هم قرار داره...

از سه تا ستون تشکیل شده که ستون اول از سمت چپ acqus هست که همون ایکس میتونه باشه.. ردیف اول تعداد پوینت ها رو نشون میده که تو فایلacqus هست و تحت عنوان TD میشه پیداش کرد.. ردیف دوم نصف مقدار ردیف اول هست پس کاری نداره.. ردیف سوم acquisition mode هست که یک مقدار فهمیدنش سخته و باید توی pulse program نگاه کنم و بگردم و نشون داده که اینها در چه حالتی قرار دارند و مقابل یک عبارتی به نامmc2 پیداش کردم..

ردیف چهارم از فرمول زیر محاسبه میشه

J[Hz] = SFO1[MHz] x ppm

so if you have a 400 MHz NMR spectrum (SFO1 = 400 MHz) and a signal peak distance of 0.02 ppm, than you have J = 8 Hz .... (spin-spin splitting or J-coupling)

SFO1[MHz]=BF1+O1 BF1:basic Transmites

اه!!! چقدر فارسی انگلیسی نوشتن سخته
اصلا مثل نوتهام مینویسم:you can know every SW from the value in ppm
to obtain in Hz:

H: SW *600.1
13C: SW*150(BF1)

Remember: TOPSPIN doesn't calculate SW correctly!

ردیف پنجم همونSFO1 هست. مرکز طیف رو هم از pulse program ولی همه اینها چیزهایی هست که الان به نظرم درست میاد و فردا ممکنه نظرم عوض شه

نمونه اسکریپت فایل اف آی دی.کام

سوم: برنامه پالسها رو باز کن و
SW
پروتون رو چک کن..
**گاهی اوقات باید محور را در
xy.com
معکوس کنید.. کامند
rev
اینو باید در فایلهای اکتساب (هاها!!) همون اکویزیشن چک کنیم..
بعد از درست کردن اینجا از روی فایل اکویزیشن:

run fid.com
then xy.com
Look in nmrDraw(command: nmrDraw)
look at XY processed >> to see if it is right

چنین پیکهایی اگه ببینیم در واقع آرتیفکت هست و باید سعی کنیم با روشهایی که بعدا بهش میپردازم به حداقل برسنیمش..
تو یک طیفی مثل
HccHtocsy.com
xyz
رو داریم
که تعداد نقاط یعنی
point
در ایکس و وای بیشتر از زد هست...
تو یک
xyz.com
لاینهای اسکریپت به این شکل میتونه تغییر کنه:

1) input directory and file, example: -in ./fid/test%03d.fid -x -verb

2) alt < > auto
3) SP -pow 1 or 2 -C 0.5 C is window function and 0.5 mean square root of window function
4) negative peaks >180 degree> positive
5) spectral width
6) base line correction:

1. before fourier transform(FT): POLY -time
2. after FT: -auto
3. both

7) output file and directory, for example: pipe2xyz -out ft/3d.ft3 -y -verb

xz.com > again same procedure
proc.com x>y>z

بعد از تنظیم و اجرای سه فایل پروسسینگ (پردازش) در دو بعد و سه بعد باید فرمت به شکلی در بیاد که قابل اجرا در اسپارکی باشه

sp.com
combines the planes and converts to ucsf (pipe2ucsf)

تو کار خودم، یک نکته مهم وجود داره که نباید فراموش کنم:
رفرنسی که بروکر برای پروتون به من میده: ۴.۷ هست ولی باید تغییرش بدم به (+۰.۱۳۷۲)۴.۸۳۷۲
برای کربن ۶۰ هست که باید به ۶۲.۷۹۵۷ (+۲.۷۹۵۷) تغییر بدم

خلاصه:

1. chmod +x *.com
2. Don't forget to remove nv comment
3. ./fid.com
4. ./procXY.com
5. ./procXZ.com
6. ./proc3D.com
7. nedit ucsf.com
8. change the file names
9. ./ucsf.com

برای hsqc :

*/pipe
./fid.com; ./nmrpipe.com; ./ucsf.com