پست چهاردهم- ادامه پست دهم- تعیین نوع آمینو اسید

۱- برنامه پروتیپ

برنامه protyp در یک فلدر به اسم
give _out ذخیره میشه و همونجا یک فایل رید می هست که میگه چه جوری راهش بندازی ولی من گیج باز مشکل داشتم و از یوهان مجبور شدم کمک بگیرم.. نصبش رو هم که مشکل داشتم و استاد راهنمام از یوهان خواست برام انجام بده.. من که خودم همیشه مشکل دارم واسه نصب این برنامه های مزخرف که واسه نصبشون باید برنامه نویسی بلد باشی. ای خدا! من چی کار کنم. خوب من بیولوژیستم... من آدم بی مشکلاتی نیستم که حالا کسی اینو خوند بگه مردم چه مشکلاتی دارن ما چه مشکلاتی داریم و بخنده و بره..
من فقط تنها دلخوشیم همینه.. اینم که اینجوریه.. دارم خفه میشم..


اصلا ولش.. من همین برنامه رو سعی میکنم ازش نتیجه بگیرم...
خوب کجا بودیم؟ آهان میگفتم که یک فایل رید می داره که میگه چه جوری برنامه رو ران کنی...
خلاصه، دو تا فایل باید آماده کنیم یک فایل توالی آمینواسیدی که باید از شماره یک شروع بشه و یک فایل که اسمش به صورت دیفالت آلفا_بتا بود.. تو این فایل هم اون دو تایی رو که حدس میزنیم به هم کانکت باشن میگذاریم که من در مرحله اول پیکهای اساین شده برای i و i -1 رو گذاشتم. این پیک ها مربوط به اون پیکهایی بود که مونده بودند و من نمیدونستم چه آمینو اسیدی میتونن باشن..
خلاصه، این از این...
حالا کامندها:
دو تا کامند وجود داره:
seq_prob/. و type_prob/. نکته اینه که میریم تو دایرکتری
give _out و بعدش کامند اول رو برای فهمیدن احتمال اینکه سکانس دو شیفت موجود چی باشه و کامند دوم رو برای فهمیدن اینکه خود آمینو اسید به تنهایی و بدون شیفت i -۱ احتمال داره چی باشه، استفاده میکنیم.

۲- برنامه اسپارتا

برنامه دیگری که طبق این مقاله از پروتیپ بهتر عمل میکنه اسپارتا هست که تو محیط سی کار میکنه.. چیزایی که امروز در مورد برنامه نویسی سی یاد گرفتم اینه که واسه اجرای یک برنامه، باید یک کامپایلر داشته باشم که اون رو قابل اجرا میکنه!!!

حالا من میخواستم با توجه به چیزی که تو روش کارش نوشته بود، این کار رو بکنم ولی بعدش فهمیدم که اینکار اتوماتیک انجام شده و من فایل قابل اجرا(اگزکیوتبل) رو دارم و ۲-۳ ساعت درگیر این بود که چه جوری اجراش کنم.. چون اونجوری که خودش میگفت نمیشد.. حالا دیدم اینجوریه.. توی فلدر اس آر سی باید یک فایل قابل اجرای اسپارتا بسازیم (اونی که خودش داشت کافی نیست) که مارک ساختش، بعد فایل پی دی اف مورد نظرمون رو تو همون فلدر اس آر سی کپی میکنیم و کامند ./sparta -in protein.pdb رو میدیم، کواوردینیت های پی دی بی رو ظاهرا میخونه ولی شیفت های راندوم کویل(کلاف بختانه!!!!!!) رو نمیخونه...

یعنی اونو نمیتونه باز کنه: ./tab/randomcoil.tab

به به! باورم نمیشه.. یک کار خیلی معمولی باید میکردم،
فلدر
tbl
رو به فلدر
scl
منتقل کردم و به نظر میاد یک اتفاقهایی افتاد....

البته نکته ای بود که من دقت نکردم و الان نتیجه اش این شد که جای زنجیره آ، شیفتهای زنجیره ب رو پیش بینی کرده.. حالا باید یک دستکاریهایی تو فایل پی دی بی بکنم که زنجیره آ رو بخونه..
کلا این برنامه گویا قادر به پیش بینی شیفت دو تا پروتئین نیست و اینها رو باید جدا جدا بهش بدی!

کاری که کردم این بود که اومدم قسمت مربوط به زنجیره ب رو حذف کردم، نمیدونستم آیا باید بخش ریمارک رو هم تغییر بدم یا نه.. ولی تغییر ندادم، امیدوارم باعث خطا در نتایج نشه، هنوز نمیدونم، باید بپرسم! دیگه اینکه نتایج اسپارتا یک جدول شیفت شیمیایی هست که با یک اسکریپت nmrPipe میشه به صورت جدول درش آورد.. یک سایتی پیدا کردم که سوالاتم رو اونجا مطرح میکنم و جوابی خیلی خوبی میدن، یک نقطه امید و پیشرفت هست برام.. خوشحالم که پیداش کردم... جواب سوالم اینجاست.