پست دوازدهم- مدلر

پنج تا آمینو اسیدم رو هنوز نتونستم اساین کنم، کلارا پیشنهاد داد که با مدلر ساختارش رو بعد از جهش پیش بینی کنم و بعد شیفت های شیمیایی رو با برنامه شیفت ایکس پیش بینی کنم و با کمک شیفت های پیش بینی شده اون ۵ تا آمینو اسید رو هم پیدا کنم و اساین کنم..
کمپلکس من دو زنجیره داره، زنجیره آ و ب
تو زنجیره آ جهش ایجاد کردم که در ناحیه برهمکنش با زنجیره ب هست..
کاری که باید بکنم اینه که ساختار زنجیره آ رو با استفاده از الگویی که فقط در جهش تفاوت نداره، پیش بینی کنم بعد با زنجیره ب داک کنم(کمپلکس) و بعد کمپلکس رو ریفاین کنم. این بهترین راه حل به نظر میاد
اگر شیفتها کمک نکرد بعدش میتونیم ام دی هم انجام بدیم و امیدوار باشیم که این به ما ساختار مورد نظرمون رو بده.....





برای اجرای یک مدل به سه فایل زیر نیاز داریم:

1. alignment file .pir
2. template: pdb file
   
3. modeller script> written in python

در فایل الاینمنت دو تا تولی باید بگذاریم. یکی توالی زنجیره ایه که قرار هست الگوی مدلسازی باشه، یکی هم زنجیره ای که قراره مدل بشه . در آخر هر تولی هم باید ستاره قرار بگیره.. هر ویژگی با دونقطه جدا میشه

زنجیره اول الگو هست که نام الگو رو درست بعد از
p1
قرار میگیره و باید با نام ساختار که در خط دوم سری اول تولی ها هست یکی باشه.
در خط دوم ۱: یعنی شماره آمینو اسیدی که الگو از اون شروع میشه و ۸۳ شماره آمینو اسیدی هست که الگو سازی به اونجا ختم میشه
یعنی آمینو اسید اول و آخر زنجیره الف

>P1; template name(pdb file name)
structureX :template name(pdb file name):1 :A:83 : (the rest can stay blank)
MADLSE........*

زنجیره دوم مدل هست که نام مدل رو میگذاریم و اینجا جای
structure
باید سکانس بنویسیم، بقیه اش مثل قبلی هست

>P1; mutant name(
sequence :model name:1 :A:83 : (the rest can stay blank)
MADLSE........*


Note:
two other characters: / is separating chains
--- shows parts that residues don't allign


modeller script:
you just need to give the

• target_name: " "
• template_name: " "
• alignment_name: " "